寶可夢是與我們共同生活在這個星球上不可思議的生物，在這個世界上，既有與人類共同生活的寶可夢，也有生活在草叢、天空、以及在水里的野生寶可夢。住在關都地區(qū)，形單影只的皮丘遇見了袋獸母子，此后便與他們共同生活，并最終進化成了皮卡丘。幾年后，生活在真新鎮(zhèn)的10歲少年小智與皮卡丘受到大木博士的邀請，參加枯葉市櫻木研究所的落成典禮。在此，小智在追逐幻之寶可夢洛奇亞的過程中與小豪相遇了。目標與最強王者丹帝對戰(zhàn)的小智，以及夢想收服所有寶可夢并追尋夢幻的小豪，二人以櫻木研究所特別調查員的身份出發(fā)，在不同地區(qū)展開調查，邂逅了各種各樣不可思議的寶可夢，還在旅途中收服了新的搭檔。