動物基因組學(xué)（帝王計劃）研究機構(gòu)的一個小組在一座廟里研究著魔斯拉。她從幼體中孵出，在一群雇傭兵襲擊這個機構(gòu)時，魔斯拉逃了出去。然后她在一個瀑布包了繭，隨后破繭而出，完成了全形態(tài)生長。在2014年，哥斯拉被整個世界看到后，“帝王組織”在水下建了一個基地，在這個位于水下好幾英里的水中基地中，他們研究著哥斯拉和其它可能存在的生物。那是他們真正的研究核心。 長期沉睡于地底和冰川里面神秘的巨獸在星球上面已經(jīng)有上萬，甚至好幾萬年的歷史，它要把這個星球重新奪回它自己的手下。為了大自然的生態(tài)平衡，哥斯拉蘇醒了，它去消滅那些未來可能會去損害大自然平衡的生物。后來，哥斯拉和魔斯拉、拉頓以及它的強敵基多拉相遇。此前一直被認(rèn)為只存在于神話當(dāng)中的古老的超級怪獸一一登場，他們將為爭奪“怪獸之王”而戰(zhàn)，人類的生存也受到嚴(yán)重威脅……